气质联用仪结合了气相色谱法和质谱法分析的优点，并互相弥补了各自的缺陷，可以进行定性、定量分析。质谱法可以进行有效的定性分析，但无法分析过于复杂的有机化合物;而色谱法对有机化合物是一种有效的分离分析方法，特别适合于进行有机化合物的定量分析，但定性分析则比较困难。因此，这两者的有效结合必将为化学家及生物化学家提供一个进行复杂有机化合物高效的定性、定量分析工具。
　　气相色谱的分离主要在色谱柱上，色谱柱分为填充柱和毛细管柱。当流动相中携带的混合物流经固定相时，其与固定相发生相互作用。由于混合物中各组分在性质和结构上的差异，与固定相之间产生的作用力的大小、强弱不同，随着流动相的移动，混合物在两相间经过反复多次的分配平衡，使得各组分被固定相保留的时间不同，从而按一定次序由固定相中流出质谱仪中所有部分均要处高度真空的条件下(10-4-10-6Torr或mmHg),其作用是减少离子碰撞损失。
　　真空度过低，将会引起：大量氧会烧坏离子源灯丝;引起其它分子离子反应，使质谱图复杂化;干扰离子源正常调节;用作加速离子的几千伏高压会引起放电。