中低压制备色谱仪的原理是从混合物中分离出相对纯净的单组份物质，目前使用多的是有机合成的后续分离，单组份原料药的纯化，天然产物的分离，蛋白质纯化等等。（一般按照压力来分类，但是没有固定的数值来限制）常压中低压制备色谱仪（重力驱动）是目前应用广泛，简单的中低压制备色谱仪。
优点：容易操作，方便，不要额外购买仪器，只要购买玻璃柱和展开剂即可。在天然产物分离有传统优势和使用范围；与TLC直接相关，容易摸索条件。
缺点：分离时间长，溶剂不好循环使用，与环境直接连接，试剂容易挥发，污染环境；使用玻璃柱，容易损坏伤人。
Flash中低压制备色谱仪，一般压力在0.5-1MPa，使用时压力在0-0.5MPa。
中压中低压制备色谱仪，一般压力在1-5MPa，使用时压力在0.5-2MPa。
由于以上的压力均比高压要小很多，所以更多的说法是把快速中低压制备色谱仪和中压中低压制备色谱仪合称为中低压中低压制备色谱仪。
优点：相对于常压色谱来说，分离效率来的更高；在蛋白质纯化上有天然传统优势；比高压中低压制备色谱仪来的经济，仪器要求配置低，而且用户可以自己装柱；使用预装柱，可以提高效率；与TLC有一定的直接关系，利用TLC可以快速的建立分离方法。
缺点：对难分离的物质，无法实现高纯度的分离效果，由于使用仪器，需要一定的仪器购买费用；大量生产，需要轴向压缩，模拟移动床色谱等系统。
高压中低压制备色谱仪，压力一般在10-30Mpa以下，正常使用压力在5-15MPa。
优点：可以一次性实现小批量物质的高纯纯化，色谱柱分离效率高。
缺点：成本比中低压制备高很多，至少在40%以上；色谱柱需要向中低压制备色谱仪柱生产公司购买，费用很高；由于是高压运转，仪器损坏几率大，维修成本高；分离方法开发必须在HPLC上先进行。